2007年夏に私が大臣に就任してから、東南アジアを中心に鳥インフルエンザ（H5N1）の人への感染発症・死亡事例が相次いでおり、社会的関心も高まっていた。
そこで、まず、2007年10月26日に、新型インフルエンザ発生時に、必要に応じて内閣総理大臣を本部長とする対策本部を設置することを閣議決定した。11月16日には、霞ヶ関、千葉県、成田空港検疫所で総合訓練を行った。
2008年には、国際機関と連携し、また民間の専門家の協力を得て新型インフルエンザ対策を推進させるために、4月1日、健康局の結核感染課に「新型インフルエンザ対策推進室」を設置した。
強毒性の鳥インフルエンザ（H5N1）の脅威については、私が参議院政審会長の頃から、国立感染症研究所の岡田晴恵研究員に教示してもらっており、厚生労働大臣に就任したときに、この問題への対応も自分が取り組むべき課題だと考えていた。
因みに、岡田はこの問題について精力的に著書を出版しており、今回の新型肺炎発生に際しても、テレビの解説などでお茶の間でもお馴染みな研究者である。
4月15日には、私は、鳥インフルエンザワクチン（プレパンデミックワクチン）を医療関係者や検疫担当者など臨床研究として約6000人に接種し、安全性や有用性が確認されれば1000万人に事前接種する方針を固め、翌16日の専門家会議でもその方向で議論された。
この日は、インフルエンザ対策の現場を見るために新宿区戸山にある国立感染症研究所を視察した。ワクチンを研究するラボなどを見て、有精卵を材料とする旧来の製造方法から細胞培養への切り替えをできるだけ迅速に行うべきだと考えた。そして、予防的に摂取するプレパンでミックワクチンを1000万人分は確保したいという意向を表明し、「科学・医学の粋を集めて世界に負けない体制を整える必要がある」と述べた。
５月２日には、感染症法改正法を公布し、施行したしたが、これは新型インフルエンザについて、きちんと定義し、入院勧告などの措置、停留などの水際対策を行うための法的な整備を行ったものである。
また、6月20日には、与党のプロジェクトチーム（川崎二郎座長）も、具体的施策の検討を始め、新型インフルエンザ発生後に、原因ウイルスをもとに作るパンデミックワクチンを６ヶ月以内に全国民分製造できる体制を整備すること、タミフルなどの抗インフルエンザ薬を人口の４〜５割備蓄することなどの方針を決めた。この一部は、6月27日に策定された「経済財政改革の基本方針（骨太の方針2008）」にも盛り込まれた。
6月30日には、インフルエンザ初動体制を整備するため、新たに約340人の職員を事務局員に兼務の形で任命し、講堂に招集して医療班、ワクチン班、電話対応班などに分けた。この体制は、新型インフルエンザの流行が始まったフェーズ４以降に作動させることを念頭に置いたものである。
7月29日には、経済や社会への影響にまで踏み込んだ新型インフルエンザ対策の新ガイドラインを決めた。これは、流行段階に応じた被害を想定したもので、企業などが対策を立てやすくなる。
